Eine Behandlung im HIT ist rund dreimal so teuer wie die konventionelle Strahlentherapie, liegt aber in der gleichen Größenordnung wie aufwändige operative Behandlungen und Chemotherapien. Die Radiologische Universitätsklinik Heidelberg hat mit den Krankenkassen einen Vertrag geschlossen, nach dem die Kosten für eine Strahlentherapie mit Protonen und Schwerionen für alle Tumorpatienten übernommen werden, die nach Einschätzung der Deutschen Gesellschaft für Radioonkologie (DEGRO) von einer solchen Therapie profitieren.
Dieser Vertrag wurde zwischen dem Universitätsklinikum Heidelberg und folgenden Krankenkassen geschlossen:
Für Versicherte der genannten Krankenkassen werden die Behandlungskosten einer Protonen- oder Schwerionentherapie übernommen. Für Patienten, die bei anderen Krankenkassen versichert sind, muss zunächst ein Antrag auf Kostenerstattung gestellt werden.